צה"ל: אריאל וכפיר ביבס נרצחו בשבי, הגופה הנוספת שנמסרה - אינה של שירי
לאחר זיהוי החטוף החלל עודד ליפשיץ הודיע צה"ל כי גם אריאל וכפיר ביבס זוהו - אך לא אימם שירי. "זו הפרה חמורה של ההסכם", הדגיש דובר צה"ל. "אנחנו דורשים מחמאס להשיב הביתה את שירי וכל חטופינו". לפי ההערכות, האחים נרצחו במהלך העסקה הראשונה או מעט אחריה: "לפי מודיעין מוצק, לא רק הבדיקה הפתולוגית"
504 ימים אחרי התמונות המטלטלות של שירי ביבס מחבקת את שני בניה הג'ינג'ים כפיר ואריאל הפעוטים, במכון לרפואה משפטית באבו כביר זוהו הלילה (בין חמישי לשישי) רק גופותיהם של שני הילדים הקטנים. דובר צה"ל הודיע כי לאחר השלמת הליך הזיהוי על-ידי המרכז הלאומי לרפואה משפטית בשיתוף משטרת ישראל, נציגי צה"ל הודיעו לבני משפחת ביבס כי יקיריהם אריאל וכפיר זוהו.
עוד נמסר כי "על פי הערכה של גורמי המקצוע, בהתאם למודיעין העומד לרשותנו וממצאים פורנזיים מתהליך הזיהוי, אריאל וכפיר ז"ל נרצחו באכזריות בשבי בנובמבר 2023, על-ידי מחבלים". לפי ההערכות, הם נרצחו כנראה במהלך עסקת החטופים הראשונה או מעט אחריה.
בנוסף, "בתהליך הזיהוי נמצא כי הגופה הנוספת שהתקבלה היא אינה של שירי ביבס, ולא נמצאה התאמה לאף חטוף או חטופה אחרים. מדובר בגופה אנונימית ללא זיהוי. זו הפרה חמורה ביותר של ארגון הטרור חמאס אשר מחייב על פי ההסכם להשיב ארבעה חטופים חללים. אנחנו דורשים מחמאס להשיב הביתה את שירי ביחד עם כל חטופינו".
בצה"ל הדגישו הלילה כי יוודאו שהעולם ידע כי "התינוק והילד נרצחו לפי מודיעין מוצק, ולא רק לפי הבדיקה הפתולוגית. כמו כן נמסר כי ארצות הברית עודכנה ב"ממצאי הרצח האכזרי והמתועב. תהליך הזיהוי היה יסודי ומשמעותי במכון לרפואה משפטית וכלל גם את הסיבות - עודד ליפשיץ נרצח, וכך גם אריאל וכפיר". בני משפחת ביבס הוחזקו בשבי על-ידי הארגון הסלאפי הקיצוני המכנה "אדוני השממה".
מאז הגעת ארבעת הארונות למכון לרפואה משפטית החלו הצוותים בהליך זיהוי תוך שימוש באמצעים מתקדמים, במטרה להשלים את ההליך ולהודיע על כך למשפחות, ובמטרה להעביר אותם לידי המשרד לשירותי דת להכנה לקבורה. בישראל הבהירו מראש כי הודעה רשמית למשפחות תימסר רק לאחר הליך זיהוי רשמי, ולא יסתמכו בשום צורה על מידע והצהרות של ארגון הטרור חמאס בנוגע לזהות החטופים או נסיבות מותם.
כבר שלשום פרסם משרד ראש הממשלה את שמותיהם של שירי, אריאל וכפיר כמי שיחזרו כחללים. משפחתם זעמה על הפרסום, ודרשה להמתין לזיהוי סופי. "את הבשורה המרה במידה שתהיה כזו אנחנו צריכים לקבל בדרך המקובלת לאחר שיושלמו כל הליכי הזיהוי. אנחנו מבקשים לא להספיד את יקירינו עד אשר יהיה אישור לאחר זיהוי סופי", מסרה המשפחה. עופרי, אחותו של ירדן, בעלה של שירי ואביהם של אריאל וכפיר, זעמה על הפרסום וכתבה: "מדינה שלמה הפכה לקציני נפגעים ודופקת לנו על הדלת. בושה". בצה"ל התנצלו ומסרו: "ביצענו תחקיר ושוחחנו עם המשפחות. אנו מצטערים על הטעות שנעשתה בתום לב ועל עוגמת הנפש".
חמאס טען כבר בשלהי חודש נובמבר 2023 כי שירי ושני ילדיה אינם בחיים. ארגון הטרור לא פרסם כל הוכחה לכך, ובישראל גם לא אותתו בשום שלב כי יש אינדיקציה ממשית לכך. בין השאר נטען כי הם הוחזקו על-ידי ארגון אחר. בהמשך חמאס אף פרסם סרטון של האב ירדן מהשבי, לאחר שהתבשר לכאורה על מותם.
דובר צה"ל הגיב אז לסרטון הקשה ולטענות ארגון הטרור, ואמר כי "חמאס ממשיך לנהוג באופן אכזרי ולא אנושי. צה"ל בוחן את מהימנות המידע". בעקבות ההודעה ראש הממשלה בנימין נתניהו הבטיח אז לבני המשפחה כי העניין בבדיקה וכי הם יעודכנו בכל מידע בנושא.
בחודש פברואר 2024 הציג צה"ל למשפחת ביבס סרטון מצלמת אבטחה שבו נראים שירי ושני הילדים במזרח חאן יונס שבדרום רצועת עזה, ביום החטיפה. בסרטון השלושה תועדו בעודם חיים, אך גם בעת הצגת התיעוד למשפחה לא היה ברור מה מצבם אז - 136 ימים אחרי חטיפתם. דובר צה"ל, תת-אלוף דניאל הגרי, חשף לציבור את הסרטון אחרי שקיבל את הסכמת המשפחה, והבהיר באותה עת: "חוששים ודואגים מאוד למצבם ושלומם של שירי והילדים". הגרי חשף בנוסף כי בני המשפחה נחטפו על-ידי ארגון טרור בשם "אדוני השממה", אך הבהיר: "חמאס אחראי ואוחז בכל הפרטים הקשורים למשפחת ביבס. הוא הכתובת למשפחה הזאת".
מוקדם יותר החודש שוחרר ירדן ביבס מהשבי, במסגרת הפעימה הרביעית של עסקת החטופים השנייה, יחד עם החטופים עופר קלדרון וקית' סיגל. בנקודת הקליטה במחנה רעים הוא התאחד עם אביו אלי ואחותו עופרי ביבס-לוי, שחיבקו ונישקו אותו. לאחר כשבוע, ירדן מסר הצהרה והתייחס לשירי וילדיהם אריאל וכפיר: "לצערי, המשפחה שלי עוד לא חזרה אליי. הם עדיין שם. האור שלי עדיין שם וכל עוד הם שם, פה הכול חשוך". כמה ימים לאחר מכן, כשהשתחרר מבית החולים שיבא, במשפחתו אמרו כי "הדרך לשיקום עדיין ארוכה, ולא תהיה שלמה עד אשר שירי, אריאל, כפיר וכל החטופים ישובו הביתה".
אחותו של ירדן, עופרי, שיתפה בריאיון ל-ynet כי שאלתו הראשונה לאחר השחרור הייתה על גורל אשתו וילדיו, והתייחסה לסרטון של אחיה שפרסם חמאס: "מאז שהמחבלים סיפרו לו על שירי והילדים הוא ניסה להבין אם זה טרור פסיכולוגי".